Эпидемиология и Инфекционные Болезни » Оценка глобального движения инфекционной заболеваемости с исп

Молекулярная эпидемиология туберкулеза

И. С. Концевая 1 , В. В. Николаевский 2 , Я. М. Балабанова 2

1 ГУЗ Самарский областной противотуберкулезный диспансер; 2 Колледж королевы Марии Университета Лондона, Великобритания

Сведения об авторах:

Концевая Ирина Сергеевна — биолог, ГУЗ Самарский областной противотуберкулезный диспансер, e-mail: belka@ostin.org; Николаевский В. В. — ст. науч. сотр., Колледж королевы Марии Университета Лондона, Великобритания; Балабанова Я. М. — ст. науч. сотр., Колледж королевы Марии Университета Лондона, Великобритания.

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ТУБЕРКУЛЕЗА: ЗАДАЧИ, МЕТОДЫ, ПЕРСПЕКТИВЫ

В течение последних 10 лет роль молекулярной эпидемиологии в изучении туберкулеза стала неоспоримой. Для эпидемиологических и филогенетических исследований возбудителя туберкулеза — Mycobacterium tuberculosis — используются такие методики, как IS6110 RFLP-типирование, сполиготипирование, VNTR-типирование, а также анализ геномных делеций и однонуклеотидных замен. Результаты этих исследований используются для изучения механизмов возникновения и распространения туберкулеза, а также устойчивости штаммов М. tuberculosis к противотуберкулезным препаратам. В данном обзоре рассматриваются основные молекулярно-генетические методики изучения эпидемиологии туберкулеза, а также их применяемость в Российской Федерации с учетом эпидемиологической ситуации в стране и состояния лабораторной службы.

Ключевые слова: туберкулез, Mycobacterium tuberculosis, молекулярная эпидемиология

1. Балабанова Я. М., Николаевский В. В., Радди М. и др. Преобладание штаммов Mycobacterium tuberculosis семейства Beijing и факторы риска их трансмиссии в Самарской области // Пробл. туб. — 2006. — № 2. — С. 31—36.

2. Нарвская О. В., Мокроусов И. В., Лимешенко Е. В. и др. Характеристика циркулирующих на Северо-Западе России штаммов Mycobacterium tuberculosis с использованием сполиготипирования // Пробл. туб. — 2002. — № 4. — С. 44— 48.

3. Сурикова О. В., Войтих Д. В., Курунов Ю. Л. и др. Опыт использования VNTR-типирования Mycobacterium tuberculosis для решения клинических задач: контроля за качеством лечения и работой лабораторной службы // Молекул. генетика. — 2005. — № 2. — С. 21—24.

4. Шилова М. В. Туберкулез в России в конце XX века // Пробл. туб. — 2001. — № 5. — С. 8—13.

5. Alland D., Whittam T. S., Murray M. B. et al. Modeling bacterial evolution with comparative-genome-based marker systems: application to Mycobacterium tuberculosis evolution and pathogenesis // J. Bacteriol. — 2003. — Vol. 185, N 11. — P. 3392— 3399.

6. Allix-Beguec C., Harmsen D., Weniger T. et al. Evaluation and strategy for use of MIRU-VNTR plus, a multifunctional database for online analysis of genotyping data and phylogenetic identification of Mycobacterium tuberculosis complex isolates // J. Clin. Microbiol. — 2008. — Vol. 46, N 8. — P. 2692— 2699.

7. Alonso-Rodriguez N., Martinez-Lirola M., Sanchez M. L. et al. Prospective universal application of mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat genotyping to characterize Mycobacterium tuberculosis isolates for fast identification of clustered and orphan cases // J. Clin. Microbiol. — 2009. — Vol. 47, N 7. — P. 2026—2032.

8. Baranov A. A., Mariandyshev A. O., Mannsaker T. et al. Molecular epidemiology and drug resistance of widespread genotypes of Mycobacterium tuberculosis in north-western Russia // Int. J. Tuberc. Lung Dis. — 2009. — Vol. 13, N 10. — P. 1288— 1293.

9. Brosch R., Gordon S. V., Marmiesse M. et al. A new evolutionary scenario for the Mycobacterium tuberculosis complex // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 2002. — Vol. 99, N 6. — P. 3684— 3689.

10. Brosch R., Pym A. S., Gordon S. V. et al. The evolution of mycobacterial pathogenicity: clues from comparative genomics // Trends Microbiol. — 2001. — Vol. 9, N 9. — P. 452—458.

11. Brown T., Nikolayevsky V., Velji P. et al. Associations between Mycobacterium tuberculosis strains and phenotypes // Emerg. Infect. Dis. — 2010. — Vol. 16, N 2. — P. 272—280.

12. Brudey K., Driscoll J. R., Rigouts L. et al. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpoIDB4) for classification, population genetics and epidemiology // BMC Microbiol. — 2006. — Vol. 6. — P. 23.

13. Christianson S., Wolfe J., Orr P. et al. Evaluation of 24 locus MIRU-VNTR genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in Canada // Tuberculosis. — 2010. — Vol. 90, N 1. — P. 31—38.

14. Clark C. M., Driver C. R., Munsiff S. S. et al. Universal genotyping in tuberculosis control program, New York City, 2001— 2003 // Emerg. Infect. Dis. — 2006. — Vol. 12, N 5. — P. 719— 724.

15. Cole S. T., Brosch R., Parkhill J. et al. Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence // Nature.—1998. — Vol. 393, N 6685. — P. 537—544.

16. Comas I., Homolka S., Niemann S. et al. Genotyping of genetically monomorphic bacteria: DNA sequencing in Mycobacterium tuberculosis highlights the limitations of current methodologies // PloS One. — 2009. — Vol. 4, N 11. — P. 7815.

17. Devaux I., Manissero D., Fernandez de la Hoz K. et al. Surveillance of extensively drug-resistant tuberculosis in Europe, 2003—2007 // Euro Surveill. — 2010. — Vol. 15, N 11.

18. Drobniewski F., Balabanova Y., Nikolayevsky V. et al. Drug-resistant tuberculosis, clinical virulence, and the dominance of the Beijing strain family in Russia // J. A. M. A. — 2005. — Vol. 293, N 22. — P. 2726—2731.

19. Duong D. A., Nguyen T. H., Nguyen T. N. et al. Beijing genotype of Mycobacterium tuberculosis is significantly associated with high-level fluoroquinolone resistance in Vietnam // Antimicrob. Agents Chemother. — 2009. — Vol. 53, N 11. — P. 4835— 4839.

20. Erokhin V. V. Main results and prospects of the activities of a WHO collaborating tuberculosis-combating center in the Russian Federation // Пробл. туб. — 2004. — № 8. — С. 3—7.

21. Fears R., Kaufmann S., Ter Meulen V. et al. Drug-resistant tuberculosis in the European Union: Opportunities and challenges for control // Tuberculosis. — 2010.

22. Fleischmann R. D., Alland D., Eisen J. A. et al. Whole-genome comparison of Mycobacterium tuberculosis clinical and laboratory strains // J. Bacteriol. — 2002. — Vol. 184, N 19. — P. 5479—5490.

23. Flores L., Jarlsberg L. G., Kim E. Y. et al. Comparison of restriction fragment length polymorphism with the polymorphic guanine-cytosine-rich sequence and spoligotyping for differentiation of Mycobacterium tuberculosis isolates with five or fewer copies of IS6110 // J. Clin. Microbiol. — 2010. — Vol. 48, N 2. — P. 575—578.

24. Flores L., Van T., Narayanan S. et al. Large sequence polymorphisms classify Mycobacterium tuberculosis strains with ancestral spoligotyping patterns // J. Clin. Microbiol. — 2007. — Vol. 45, N 10. — P. 3393—3395.

25. Frieden T. Toman’s Tuberculosis. Case Detection, Treatment, and Monitoring: Questions and Answers. — Geneva, WHO, 2004.

26. Frothingham R., Meeker-O’Connell W. A. Genetic diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex based on variable numbers of tandem DNA repeats // Microbiology. — 1998. — Vol. 144, N 5. — P. 1189—1196.

27. Gagneux S., Small P. M. Global phylogeography of Mycobacterium tuberculosis and implications for tuberculosis product development // Lancet Infect. Dis. — 2007. — Vol. 7, N 5. — P. 328—337.

28. Galagan J. E., Sisk P., Stolte C. et al. TB database 2010: Overview and update // Tuberculosis.

29. Glynn J. R., Whiteley J., Bifani P. J. et al. Worldwide occurrence of Beijing/W strains of Mycobacterium tuberculosis: a systematic review // Emerg. Infect. Dis. — 2002. — Vol. 8, N 8. — P. 843—849.

30. Goguet de la Salmoniere Y. O., Kim C. C., Tsolaki A. G. et al. High-throughput method for detecting genomic-deletion polymorphisms // J. Clin. Microbiol. — 2004. — Vol. 42, N 7. — P. 2913—2918.

31. Gutacker M. M., Smoot J. C., Migliaccio C. A. et al. Genome-wide analysis of synonymous single nucleotide polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis complex organisms: resolution of genetic relationships among closely related microbial strains // Genetics. — 2002. — Vol. 162, N 4. — P. 1533—1543.

32. Gutacker M. M., Mathema B., Soini H. et al. Single-nucleotide polymorphism-based population genetic analysis of Mycobacterium tuberculosis strains from 4 geographic sites // J. Infect. Dis. — 2006. — Vol. 193, N 1. — P. 121—128.

Читайте также:  Костные поражения, костные метастазы

33. Gutierrez M. C., Ahmed N., Willery E. et al. Predominance of ancestral lineages of Mycobacterium tuberculosis in India // Emerg. Infect. Dis. — 2006. — Vol. 12, N 9. — P. 1367—1374.

34. Hermans P. W., van Soolingen D., Dale J. W. et al. Insertion element IS986 from Mycobacterium tuberculosis: a useful tool for diagnosis and epidemiology of tuberculosis // J. Clin. Microbiol. — 1990. — Vol. 28, N 9. — P. 2051—2058.

35. Hofmann-Thiel S., van Ingen J., Feldmann K. et al. Mechanisms of heteroresistance to isoniazid and rifampin of Mycobacterium tuberculosis in Tashkent, Uzbekistan // Eur. Respir. J. — 2009. — Vol. 33, N 2. — P. 368—374.

36. Ioerger T. R., Koo S., No E. G. et al. Genome analysis of multi- and extensively-drug-resistant tuberculosis from KwaZulu-Natal, South Africa // PLoS One. — 2009. — Vol. 4, N 11. — P. 7778.

37. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. — 1997. — Vol. 35, N 4. — P. 907—914.

38. Kanduma E., McHugh T. D., Gillespie S. H. Molecular methods for Mycobacterium tuberculosis strain typing: a user’s guide // J. Appl. Microbiol. — 2003. — Vol. 94, N 5. — P. 781—791.

39. Kwara A., Schiro R., Cowan L. S. et al. Evaluation of the epidemiologic utility of secondary typing methods for differentiation of Mycobacterium tuberculosis isolates // J. Clin. Microbiol. — 2003. — Vol. 41, N 6. — P. 2683—2685.

40. Mathema B., Kurepina N. E., Bifani P. J. et al. Molecular epidemiology of tuberculosis: current insights // Clin. Microbiol. Rev. — 2006. — Vol. 19, N 4. — P. 658—685.

41. Maus C. E., Plikaytis B. B., Shinnick T. M. Mutation of tlyA confers capreomycin resistance in Mycobacterium tuberculosis //Antimicrob. Agents Chemother. — 2005. — Vol. 49, N 2. — P. 571—577.

42. Migliori G. B., Centis R., Lange C. et al. Emerging epidemic of drug-resistant tuberculosis in Europe, Russia, China, South America and Asia: current status and global perspectives // Curr. Opin. Pulm. Med. — 2010. — Vol. 16, N 3. — P. 171—179.

43. Mokrousov I., Otten T., Manicheva O. et al. Moloecular characterization of ofloxacin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Russia // Antimicrob. Agents Chemother. — 2008. — Vol. 52, N 8. — P. 2937—2939.

44. Mostowy S., Cousins D., Brinkman J. et al. Genomic deletions suggest a phylogeny for the Mycobacterium tuberculosis complex // J. Infect. Dis. — 2002. — Vol. 186, N 1. — P. 74—80.

45. Narvskaya O., Otten T., Limeschenko E. et al. Nosocomial outbreak of multidrug-resistant tuberculolsis caused by a strain of Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family in St. Petersburg, Russia // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. — 2002. — Vol. 21, N 8. — P. 596—602.

46. Niemann S., Koser C. U., Gagneux S. et al. Genomic diversity among drug sensitive and multidrug resistant isolates of Mycobacterium tuberculosis with identical DNA fingerprints // PloS One. — 2009. — Vol. 4, N 10. — P. 7407.

47. Nodieva A., Jansone I., Broka L. et al. Recent nosocomial transmission and genotypes of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis // Int. J. Tuberc. Lung Dis. — 2010. — Vol. 14, N 4. — P. 427—433.

48. Pardini M., Niemann S., Varaine F. et al. Characteristics of drug-resistant tuberculosis in Abkhazia (Georgia), a high-prevalence area in Eastern Europe // Tuberculosis. — 2009. — Vol. 89, N 4. — P. 317—324.

49. Parsons L. M., Brosch R., Cole S. T. et al. Rapid and simple approach for identification of Myjcobacterium tuberculosis complex isolates by PCR-based genomic deletion analysis // J. Clin. Microbiol. — 2002. — Vol. 40, N 7. — P. 2339—2345.

50. Qian L., van Embden J. D., van Der Zanden A. G. et al. Retrospective analysis of the Beijing family of Mycobacterium tuberculosis in preserved lung tissue // J. Clin. Microbiol. — 1999. — Vol. 37, N 2. — P. 471—474.

51. Ramaswamy S., Musser J. M. Molecular genetic basis of antimicrobial agent resistance in Mycobacterium tuberculosis: 1998 update // Tuberc. Lung Dis. — 1998. — Vol. 79, N 1. — P. 3— 29.

52. Reed M. B., Pichler V. K., McIntosh F. et al. Major Mycobacterium tuberculosis lineages associate with patient country of origin // J. Clin. Microbiol. — 2009. — Vol. 47, N 4. — P. 1119— 1128.

53. Rengarajan J., Sassetti C. M., Naroditskaya V. et al. The folate pathway is a target for resistance to the drug para-aminosalicylic acid (PAS) in mycobacteria // Mol. Microbiol. — 2004. — Vol. 53, N 1. — P. 275—282.

54. Roring S., Scott A., Brittain D. et al. Development of variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium bovis: comparison of results with those obtained by using existing exact tandem repeats and spoligotyping // J. Clin. Microbiol. — 2002. — Vol. 40, N 6. — P. 2126—2133.

55. Roring S., Scott A. N., Glyn Hewinson R. et al. Evaluation of variable number tandem repeat (VNTR) loci in molecular typing of Mycobacterium bovis isolates from Ireland // Vet. Microbiol. — 2004. — Vol. 101, N 1. — P. 65—73.

56. Ross B. C., Raios K., Jackson K. et al. Molecular cloning of a highly repeated DNA element from Mycobacterium tuberculosis and its use as an epidemiological tool // J. Clin. Microbiol. — 1992. — Vol. 30, N 4. — P. 942—946.

57. Smittipat N., Billamas P., Palittapongarnpim M. et al. Polymorphism of variable-number tandem repeats at multiple loci in Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. — 2005. — Vol. 43, N 10. — P. 5034—5943.

58. Sola C., Filliol I., Legrand E. et al. Genotyping of the Mycobacterium tuberculosis complex using MIRUs: association with VNTR and spoligotyping for molecular epidemiology and evolutionary genetics // Infect. Genet. Evol. — 2003. — Vol. 3, N 2. — P. 125—133.

59. Sreevatsan S., Pan X., Stockbauer K. E. et al. Restricted structural gene polymorphism in the Mycobacterium tuberculosis complex indicates evolutionarily recent global dissemination // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 1997. — Vol. 94, N 18. — P. 9869—9874.

60. Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. — 2006. — Vol. 44, N 12. — P. 4498—4510.

61. Supply P., Mazars E., Lesjean S. et al. Variable human minisatellite-like regions in the Mycobacterium tuberculosis genome // Mol. Microbiol. — 2000. — Vol. 36, N 3. — P. 762—771.

62. Supply P., Warren R. M., Banuls A. L. et al. Linkage disequilibrium between minisatellite loci supports clonal evolution of Mycobacterium tuberculosis in a high tuberculosis incidence area // Mol. Microbiol. — 2003. — Vol. 47, N 2. — P. 529—538.

63. Thong-On A., Smittipat N., Juthayohin T. et al. Variable-number tandem repeats typing of Mycobacterium tuberculosis isolates with low copy numbers of IS6110 in Thailand // Tuberculosis. — 2010. — Vol. 90, N 1. — P. 9—15.

64. Toungoussova O. S., Sandven P., Mariandyshev A. O. et al. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia // J. Clin. Microbiol. — 2002. — Vol. 40, N 6. — P. 1930—1937.

65. Tsolaki A. G., Gagneux S., Pym A. S. et al. Genomic deletions classify the Beijing/W strains as a distinct genetic lineage of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. — 2005. — Vol. 43, N 7. — P. 3185—3191.

66. Tsolaki A. G., Hirsh A. E., DeRiemer K. et al. Functional and evolutionary genomics of Mycobacterium tuberculosis: insights from genomic deletions in 100 strains // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 2004. — Vol. 101, N 14. — P. 4865—4870.

67. van Embden J. D., Cave M. D., Crawford J. T. et al. Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J. Clin. Microbiol. — 1993. — Vol. 31, N 2. — P. 406—409.

68. Velji P., Nikolayevsky V., Brown T. et al. Discriminatory ability of hypervariable variable number tandem repeat loci in population-based analysis of Mycobacterium tuberculosis strains, London, UK // Emerg. Infect. Dis. — 2009. — Vol. 15, N 10. — P. 1609—1616.

Читайте также:  Свекла польза и вред для организма человека

69. Wang J. J., Hu Y., Jiang W. L. et al. Population-based molecular epidemiologic study of rifampicin-resistant tuberculosis in rural area of eastern China // Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. — 2009. — Vol. 30, N 11. — P. 1189—1193.

70. World Health Organisation. The Global MDR-TB & XDR-TB Response Plan; 2007—2008. — WHO/HTM/TB/2007.387.

71. Yang Z., Chaves F., Barnes P. F. et al. Evaluation of method for secondary DNA typing of Mycobacterium tuberculosis with pTBN12 in epidemiologic study of tuberculosis // J. Clin. Microbiol. — 1996. — Vol. 34, N 12. — P. 3044—3048.

72. Yesilkaya H., Meacci F., Niemann S. et al. Evaluation of molecular-Beacon, TaqMan, and fluorescence resonance energy transfer probes for detection of antibiotic resistance-conferring single nucleotide polymorphisms in mixed Mycobacterium tuberculosis DNA extracts // J. Clin. Microbiol. — 2006. — Vol. 44, N 10. — P. 3826—3829.

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ТУБЕРКУЛЕЗА В КАЛИНИНГРАДСКОЙ ОБЛАСТИ РОССИИ: 10 ЛЕТ СПУСТЯ

Полный текст:

  • Аннотация
  • Об авторах
  • Список литературы
  • Cited By

Аннотация

В Калининградской области за последние десять лет заболеваемость туберкулезом существенно снизилась (с 134/100 000 в 2006 г. до 50,6/100 000 в 2015 г.), однако по-прежнему превышает средний показатель по Северо-Западному федеральному округу — 40,7/100 000. Учитывая увеличение удельного веса первичной множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) возбудителя с 23,9% в 2010 г. до 30,5% в 2015 г., целью настоящего исследования был анализ современной структуры популяции Mycobacterium tuberculosis в Калининградской области и оценка тенденций ее изменения в пространственно-временном контексте. Было изучено 73 изолята M. tuberculosis, выделенных от впервые выявленных больных туберкулезом легких в 2015 г. Лекарственная устойчивость (ЛУ) выявлена у 46 (63,0%) штаммов M. tuberculosis, из них 32 (43,8%) обладали мультирезистентностью. Установлена принадлежность к генотипу Beijing 46 (63,0%) из 73 штаммов M. tuberculosis. Доля кластера В0/W148 генотипа Beijing составила 19,2% (14 из 73). Сполиготипирование 27 штаммов nonBeijing M. tuberculosis позволило выделить 15 сполиготипов 5 генетических семейств — Т, LAM, Ural, S, X. Около половины (16; 51,6%) штаммов non-Beijing были представлены сполиготипами — SIT42, SIT53, SIT262, SIT444. В гетерогенной группе Т превалировали преимущественно лекарственно чувствительные штаммы сполиготипа SIT53. Более половины (55,6%) штаммов генотипа LAM проявляли ЛУ. Семейство Ural было малочисленно (5,5%) и включало в себя штаммы M. tuberculosis, сполиготипы которых хорошо известны в России — SIT35 и SIT262, так и один новый, ранее не встречавшийся. МЛУ статистически значимо была связана с генотипом Beijing: 56,5% против 25,9% у штаммов прочих генотипов (суммарно) (P = 0,0134). При этом все 14 штаммов эпидемиологически и клинически значимого кластера В0/W148 были мультирезистентными. Доля МЛУ штаммов генотипа Beijing существенно не изменилась: в 2006 г. — 61,3%, в 2015 г. — 56,5% (P = 0,6773). Однако расширился спектр лекарственной устойчивости к противотуберкулезным препаратам первого ряда: если ранее большинство (78,9%) МЛУ штаммов дополнительно проявляли устойчивость лишь к стрептомицину, то в настоящем исследовании 72,0% МЛУ штаммов были устойчивы к стрептомицину, этамбутолу и пиразинамиду. Доля МЛУ штаммов non-Beijing составила 25,9%, что существенно выше аналогичного показателя 2006 г. — 2,2% (P = 0,0124). Сравнительно меньшая доля штаммов генотипа Beijing (50%) обнаружена у больных туберкулезом, проживающих на побережье Балтийского моря, регионе с относительно благополучной социально-экономической ситуацией и более высоким качеством жизни населения. Таким образом, современную эпидемиологичекую ситуацию по туберкулезу в Калининградской области критически определяет нарастающая циркуляция МЛУ штаммов генетического семейства Beijing, а также существенное увеличение доли МЛУ штаммов других генотипов.

Ключевые слова

Об авторах

Список литературы

1. Вязовая А.А., Ветров В.В., Лялина Л.В., Мокроусов И.В., Соловьева Н.С., Журавлев В.Ю., Вишневский Б.И., Нарвская О.В. Характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis (по материалам 15-летнего наблюдения в Ленинградской области) // Инфекция и иммунитет. 2017. Т. 7, № 1. С. 34–40. [Vyazovaya A.A., Vetrov V.V., Lyalina L.V., Mokrousov I.V., Solovieva N.S., Zhuravlev V.Y., Vishnevskiy B.I., Narvskaya O.V. Characterization of Mycobacterium tuberculosis strains (a 15-year survey in Leningrad region, Russia). Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2017, vol. 7, no. 1, pp. 34–40. doi: 10.15789/2220-7619-2017-1-34-40 (In Russ.)]

2. Вязовая А.А., Мокроусов И.В., Журавлев В.Ю., Соловьева Н.С., Оттен Т.Ф., Маничева О.А., Вишневский Б.И., Нарвская О.В. Молекулярная характеристика мультирезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных на Северо-Западе России // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. № 1. С. 30–33. [Vyazovaya A.A., Mokrousov I.V., Zhuravlev V.Yu., Solovieva N.S., Otten T.F., Manicheva O.A., Vishnevsky B.I., Narvskaya O.V. Molecular characteristics of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains in Northwest Russia. Molekulyarnaya gene-tika, mikrobiologiya i virusologiya = Mol. Genet. Microbiol. Virol., 2016, no. 1, pp. 30–33. (In Russ.)]

3. Вязовая А.А., Соловьева Н.С., Сунчалина Т.В., Мокроусов И.В., Журавлев В.Ю., Нарвская О.В. Характеристика популяции Mycobacterium tuberculosis в Республике Карелия // Туберкулез и болезни легких. 2016. № 8. С. 48–53. [Vyazovaya A.A., Solovieva N.S., Sunchalina T.V., Mokrousov I.V., Zhuravlev V.Y., Narvskaya O.V. Characteristics of Myco-bacterium tuberculosis population in Republic of Karelia. Tuberkulez i bolezni legkih = Tuberculosis and Lung Diseases, 2016, no. 8, pp. 48–53. doi: 10.21292/2075-1230-2016-94-8-48-53 (In Russ.)]

4. Нарвская О.В., Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф., Вишневский Б.И. Генетическое маркирование полирезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных на Северо-Западе России // Проблемы туберкулеза. 1999. № 3. С. 39–41. [Narvskaia O.V., Mokrousov I.V., Otten T.F., Vishnevskiĭ B.I. Genetic marking of polyresistant mycobacterium tuberculosis strains isolated in the north-west of Russia. Problemy tuberkuleza = Problems of Tuberculosis, 1999, no. 3, pp. 39–41 (In Russ.)]

5. Шульженко С., Семенчук Н.О. Социально-экономическое развитие административно-территориальных образований как ключевой фактор прогресса эксклавного региона РФ // Молодой ученый. 2015. № 10.2. С. 20–26. [Shulzhenko S., Semenchuk N.O. Socio-economic development of administrative-territorial entities as a key factor in the progress of the exclave region of the Russian Federation. Molodoi uchenyi = Young scientist, 2015, no. 10.2, pp. 20–26 (In Russ.)]

6. Brudey K., Gordon M., Moström P., Svensson L., Jonsson B., Sola C., Ridell M., Rastogi N. Molecular epidemiology of Myco-bacterium tuberculosis in Western Sweden. J. Clin. Microbiol., 2004, vol. 42, no. 7, pp. 3046–3051.

7. Dymova M.A., Liashenko O.O., Poteiko P.I., Krutko V.S., Khrapov E.A., Filipenko M.L. Genetic variation of Mycobacterium tuberculosis circulating in Kharkiv Oblast, Ukraine. BMC Infect. Dis., 2011, vol. 11:77.

8. Gibson A., Huard R., Gey van Pittius N., Lazzarini L., Driscoll J., Kurepina N., Zozio T., Sola C., Spindola S., Kritski A., Fitzgerald D., Kremer K., Mardassi H., Chitale P., Brinkworth J., Garcia de Viedma D., Gicquel B., Pape J., Van Soolingen D., Kreiswirth B., Warren R., Van Helden P., Rastogi N., Suffys P., Lapa e Silva J., Ho J. Application of sensitive and specific molecular methods to uncover global dissemination of the major RDRio Sublineage of the Latin American-Mediterranean Mycobacterium tuberculosis spoligotype family. J. Clin. Microbiol., 2008, vol. 46, no. 4, pp. 1259–1267.

9. Jagielski T., Augustynowicz-Kopeć E., Zozio T., Rastogi N., Zwolska Z. Spoligotype-Based Comparative Population structure analysis of multidrug-resistant and isoniazid-monoresistant Mycobacterium tuberculosis complex clinical isolates in Poland. J. Clin. Microbiol., 2010, vol. 48, no. 11, pp. 3899–3909.

10. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A., Van Agterveld M., Van Soolingen D., Kuijper S., Bunschoten A., Molhuizen H., Shaw R., Goyal M., Van Embden J. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J. Clin. Microbiol., 1997, vol. 35, no. 4, pp. 907–914.

11. Kozińska M., Zientek J., Augustynowicz-Kopeć E., Zwolska Z., Kozielski J. Transmission of tuberculosis among people living in the border areas of Poland, the Czech Republic, and Slovakia. Pol. Arch. Med. Wewn., 2016, vol. 126, pp. 32–40.

12. Krüüner A., Hoffner S.E., Sillastu H., Danilovits M., Levina K, Svenson S.B., Ghebremichael S., Koivula T., Källenius G. Spread of drug-resistant pulmonary tuberculosis in Estonia. J. Clin. Microbiol., 2001, vol. 39, pp. 3339–3345.

13. Marttila H.J., Soini H., Eerola E., Vyshnevskaya E., Vyshnevskiy B.I., Otten T.F., Vasilyef A.V., Viljanen M.K. A Ser315Thr substitution in KatG is predominant in genetically heterogeneous multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates originating from the St. Petersburg area in Russia. Antimicrob. Agents Chemother., 1998, vol. 42, no. 9, pp. 2443–2445.

14. Mokrousov I. Insights into the origin, emergence, and current spread of a successful Russian clone of Mycobacterium tuberculosis. Clin. Microbiol. Rev., 2013, vol. 26, no. 2, pp. 342–360.

15. Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen’s pathobiology: insights from Beijing and Ural families. Tuberculosis, 2015, vol. 95, suppl. 1, pp. 167–76.

Читайте также:  Эмболизация маточных артерий, миома матки лечение, миома матки методы лечения, Можно ли забеременеть

16. Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A., Otten T., Jiao W., Gomes L., Suffys P., Shen A.D., Vishnevsky B. Russian «successful» clone B0/W148 of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a multiplex PCR assay for rapid detection and global screening. J. Clin. Microbiol., 2012, vol. 50, no. 11, pp. 3757–3759.

17. Mokrousov I., Otten T., Zozio T., Turkin E., Nazemtseva V., Sheremet A., Vishnevsky B., Narvskaya O., Rastogi N. At Baltic crossroads: a molecular snapshot of Mycobacterium tuberculosis population diversity in Kaliningrad, Russia. FEMS Immunol. Med. Microbiol., 2009, vol. 55, no. 1, pp. 13–22.

18. Mokrousov I., Vyazovaya A., Otten T., Zhuravlev V., Pavlova E., Tarashkevich L., Krishevich V., Vishnevsky B., Narvskaya O. Mycobacterium tuberculosis population in northwestern Russia: an update from Russian-EU/Latvian border region. PLoS One, 2012, vol. 7, no. 7:e41318. doi: 10.1371/journal.pone.0041318

19. Mokrousov I., Vyazovaya A., Zhuravlev V., Otten T., Millet J., Jiao W.W., Shen A.D., Rastogi N., Vishnevsky B., Narvskaya O. Real-time PCR assay for rapid detection of epidemiologically and clinically significant Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype isolates. J. Clin. Microbiol., 2014, vol. 52, no. 5, pp. 1691–1693.

20. Narvskaya O., Mokrousov I., Otten T., Vishnevsky B. Molecular markers: application for studies of Mycobacterium tuberculosis population in Russia. Trends in DNA Fingerprinting Research. Ed. Read M.M. New York: Nova Science Publishers 2005, pp. 111–125.

21. Narvskaya O., Otten T., Limeschenko E., Sapozhnikova N., Graschenkova O., Steklova L., Nikonova A., Filipenko M., Mokrousov I., Vyshnevskiy B. Nosocomial outbreak of multidrug-resistant tuberculosis caused by a strain of Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family in St. Petersburg, Russia. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis., 2002, vol. 21, pp. 596–602.

22. Nikolayevskyy V.V., Brown T.J., Bazhora Y.I., Asmolov A.A., Balabanova Y.M., Drobniewski F.A. Molecular epidemiology and prevalence of mutations conferring rifampicin and isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis strains from the southern Ukraine. Clin. Microbiol. Infect., 2007, vol. 13, no. 2, pp. 129–138.

23. Portaels F., Rigouts L., Bastian I. Addressing multidrug-resistant tuberculosis in penitentiary hospitals and in the general population of the former Soviet Union. Int. J. Tuberc. Lung Dis., 1999, vol. 3, pp. 582–588.

24. Smit P.W., Haanperä M., Rantala P., Couvin D., Lyytikäinen O., Rastogi N., Ruutu P., Soini H. Molecular epidemiology of tuberculosis in Finland, 2008–2011. PLoS One, 2013, vol. 8, no. 12:e85027. doi: 10.1371/journal.pone.0085027

25. Toit K., Altraja A., Acosta C.D., Viiklepp P., Kremer K., Kummik T., Danilovitš M., Van den Bergh R., Harries A.D., Supply P. A four-year nationwide molecular epidemiological study in Estonia: risk factors for tuberculosis transmission. Public Health Action, 2014, vol. 21, no. 4, suppl. 2, pp. 34–40.

26. Tracevska T., Jansone I., Baumanis V., Marga O., Lillebaek T. Prevalence of Beijing genotype in Latvian multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates. Int. J. Tuberc. Lung Dis., 2003, vol. 7, pp. 1097–1103.

27. Van Embden J., Cave M., Crawford J., Dale J., Eisenach K., Gicquel B., Hermans P., Martin C., McAdam R., Shinnick T., Small P. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized metho dology. J. Clin. Microbiol., 1993, no. 31, pp. 406–409.

28. Zalutskaya A., Wijkander M., Jureen P., Skrahina A., Hoffner S. Multidrug-resistant Myobacterium tuberculosis caused by the Beijing genotype and a specific T1 genotype clone (SIT No. 266) is widely transmitted in Minsk. Int. J. Mycobacteriol., 2013, vol. 2, no. 4, pp. 194–198.

Для цитирования:

Вязовая А.А., Ахмедова Г.М., Соловьева Н.С., Герасимова А.А., Старкова Д.А., Туркин Е.Н., Журавлев В.Ю., Нарвская О.В., Мокроусов И.В. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ТУБЕРКУЛЕЗА В КАЛИНИНГРАДСКОЙ ОБЛАСТИ РОССИИ: 10 ЛЕТ СПУСТЯ. Инфекция и иммунитет. 2017;7(4):367-374. https://doi.org/10.15789/2220-7619-2017-4-367-374

For citation:

Vyazovaya A.A., Akhmedova G.M., Solovieva N.S., Gerasimova A.A., Starkova D.A., Turkin E.N., Zhuravlev V.Yu., Narvskaya O.V., Mokrousov I.V. MOLECULAR EPIDEMIOLOGY OF TUBERCULOSIS IN THE KALININGRAD REGION OF RUSSIA: 10 YEARS AFTER. Russian Journal of Infection and Immunity. 2017;7(4):367-374. (In Russ.) https://doi.org/10.15789/2220-7619-2017-4-367-374


Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА И ЛЕКАРСТВЕННАЯ УСТОЙЧИВОСТЬ ПОПУЛЯЦИИ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS В ГРАЖДАНСКОМ СЕКТОРЕ КЫРГЫЗСКОЙ РЕСПУБЛИКИ

Полный текст:

Аннотация

Ключ. слова

Об авторах

доктор медицинских наук, старший научный сотрудник,

г. Бишкек, ул. Тоголок Молдо, д. 3

Список литературы

1. Бартольд В. В. Избранные произведения по истории кыргызов и Кыргызстана: Составление, доп. коммент. и предисловие О. Караева. Вопросы этнической истории киргизского народа / Отв. ред. О. Караев, И. Молдобаев. — Фрунзе, 1989.

2. Исакова Ж. Т., Мокроусов И. В., Вылчева В. и др. Генотипирование штаммов M. tuberculosis, циркулирующих в местах лишения свободы Кыргызской Республики // Туб. — 2010. — № 9. — С. 39-44.

3. Исакова Ж. Т., Совхозова Н. А., Гончарова З. К. и др. Молекулярно-генетическая характеристика M. tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью, выделенные у больных туберкулезом гражданского сектора и пенитенциарной системы Кыргызской Республики // Респир. мед. — 2009. — № 1. — С. 87-91.

4. Концепция развития противотуберкулезной службы Кыргызской Республики на 2008-2016 гг. Министерства здравоохранения Кыргызской Республики. doc.aids.gov.kg/library/concept_tb_2008-2010_ru.doc

5. Черноусова Л. Н., Васильева И. А., Исаева Т. Х. Особенности течения впервые выявленного туберкулеза легких в зависимости от генотипа М. tuberculosis // Инф. болезни. — 2011. — № 2. — С. 68-72.

6. Cox H. S., Kubica T., Doshetov D. et al. The Beijing genotype and drug resistant tuberculosis in the Aral Sea region of Central Asia // Respir. Res. — 2005. — Vol. 6. — P. 134.

7. Demay C., Liens B., Burguière T. et al. SITVITWEB — a publicly available international multimarker database for studying Mycobacterium tuberculosis genetic diversity and molecular epidemiology // Infect. Genet Evol. — 2012. — Vol. 12. — P. 755-766.

8. Dubiley S., Kirillov E., Ignatova A. et al. Molecular characteristics of the Mycobacterium tuberculosis LAM-RUS family prevalent in Central Russia // J. Clin. Microbiol. — 2007. — Vol. 45. — P. 4036-4038.

9. Gilman J., Myatt M. EpiCalc 2000. version 102. London, UK: Brixton Books; 1998.

10. Global tuberculosis control: WHO report 2011. www.who.int/tb

11. Hunter P., Gaston M. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems:an application of Simpson’s index of diversity // J. Clin. Microbiol. -1988. — Vol. 26. — P. 2465-2466.

12. Jiao W. W., Mokrousov I., Sun G. Z. et al. Molecular characteristics of rifampin and isoniazid resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Beijing, China // Chin. Med. J. — 2007. — Vol. 120. — P. 814-819.

13. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. et al. Rapid detection and simultaneous strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and tuberculosis control // J. Clin. Microbiol. — 1997. — Vol. 35. — P. 907-914.

14. Kubica T., Agzamova R., Wright A. et al. The Beijing genotype is a major cause of drug- resistant tuberculosis in Kazakhstan // Int. J. Tuberc Lung Dis. — 2005. — Vol. 9. — P. 646-653.

15. Mokrousov I. Human migratory history: Through the looking-glass of genetic geography of Mycobacterium tuberculosis // In: Causes and Consequences of Human Migration (Eds. M.H. Crawford and B. Campbell). Cambridge University Press, — 2012. — P. 317-341.

16. Mokrousov I. The quiet and controversial: Ural family of Mycobacterium tuberculosis // Infect. Genet. Evol. 2012. — Vol. 12. — P. 619-629.

17. Mokrousov I., Valcheva V., Sovhozova N. et al. Penitentiary population of Mycobacterium tuberculosis in Kyrgyzstan: exceptionally high prevalence of the Beijing genotype and its Russia-specific subtype // Infect. Genet Evol. — 2009. — Vol. 9. — P. 1400-1405.

18. van Soolingen D., L. Qian, P. E. W. de Haas et al. Predominance of a single genotype of M. tuberculosis in countries of East Asia // J. Clin. Microbiol. — 1995. — Vol. 33 — P. 3234-3238.

Дополнительные файлы

Для цитирования: Исакова Ж.Т., Мокроусов И.В., Растоги Н. Алдашев А.А. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА И ЛЕКАРСТВЕННАЯ УСТОЙЧИВОСТЬ ПОПУЛЯЦИИ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS В ГРАЖДАНСКОМ СЕКТОРЕ КЫРГЫЗСКОЙ РЕСПУБЛИКИ. Туберкулез и болезни легких. 2014;(3):54-58.

For citation: Isakova Z.T., Mokrousov I.V., Rastogi N., Aldashev A.A. GENETIC STRUCTURE AND DRUG RESISTANCE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS POPULATION IN THE CIVIL SECTOR OF THE KYRGYZ REPUBLIC. Tuberculosis and Lung Diseases. 2014;(3):54-58. (In Russ.)

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.

Ссылка на основную публикацию
Эндоскопические исследования в Москве
Колоноскопия Колоноскопия кишечника – представляет собой процедуру медицинского осмотра толстого кишечника. Применяется она как в качестве терапии, так и для...
Эмболэктомия по Фогарти показания, как проводится
Эмболэктомия по методу Фогарти Устранение артериальной непроходимости проводят хирургическим путем. Хорошие результаты дает такая операция, как непрямая эмболэктомия. Проводится она...
Эмбриональная рабдомиосаркома прогноз, причины
Рабдомиосаркома John J. Gregory, Jr. , MD, Rutgers, New Jersey Medical School Рабдомиосаркома является третьей наиболее распространенной солидной опухолью с...
Эндоскопические методы диагностики и лечения — ФБУЗ МЕДИКО-САНИТАРНАЯ ЧАСТЬ №41 ФМБА России
Эндоскопические операции в гинекологии Израиля. Быстрое восстановление К методам эндоскопической хирургии, которые чаще всего применяют в гинекологии, относятся диагностическая и...
Adblock detector